A Defesa Civil e a Secretaria de Serviços Públicos realizam serviços de limpeza e desassoreamento de cursos d’água em Caraguatatuba para prevenir enchentes. As ações ocorrem principalmente para preparar a cidade para o período de maior incidência de chuvas, entre dezembro e março.
Os trabalhos já passaram por locais como o Morro do Algodão, Alto Jetuba, Jaraguazinho, Martim de Sá, Jardim Itaúna, Rio Santo Antônio e Rio Guaxinduba. As equipes também atuaram no Capricórnio III, no Rio Juqueriquerê e na foz da Lagoa Azul, na Praia do Capricórnio.
O município também conta com o Plano de Contingência para estabelecer procedimentos de prevenção e resposta em situações de desastre. O documento foi aprovado após audiências públicas em áreas com maior risco de alagamentos.